পেঁয়াজ কাটার সময় আমরা আসলে অসংখ্য কোষ কাটি। ফলে কোষের ভেতরে থাকা পদার্থগুলো মুক্ত হয়ে যায়। কোষে থাকা অ্যামিনো অ্যাসিড সালফোক্সাইড মিলে তৈরি করে সালফেনিক অ্যাসিড। কোষের ভেতরে থাকা বিভিন্ন এনজাইম সালফেনিক অ্যাসিডের সঙ্গে বিক্রিয়া করে তৈরি করে প্রোপেনিয়াল এস-অক্সাইড নামক সালফারের একটি উদ্বায়ী যৌগ। এই যৌগ বাতাসে ভেসে চলে আসে আমাদের চোখে।
পরে তা চোখের জলীয় অংশের সঙ্গে বিক্রিয়ায় তৈরি করে সালফিউরিক অ্যাসিড। আর এই অ্যাসিডের কারণেই আমাদের চোখে জ্বালাপোড়া হয়। তখন চোখের ভেতরে ঢুকে পড়া অ্যাসিড দূর করে দিতেই মূলত চোখ থেকে পানি বের হয়।