মেলানিন নামের উপাদানের রঞ্জকের পরিমাণ আবার নির্ধারিত হয় ইওমেলানিন এবং ফিওমেলানিনের অনুপাতের ওপর। চোখের রং মূলত ৯টি ক্যাটাগরিতে ভাগ করা হয়। বংশগতভাবে চোখের রং নির্ধারণে ১৬টি জিন কাজ করে।
বংশগতভাবে চক্ষুর রং নির্ধারণে সবচেয়ে প্রভাবশালী জিন হলো ওসিএ২ এবং এইচইআরসি২। এদের অবস্থান ক্রোমোজোম ১৫-এ। সাধারণত নীল চোখের জন্যে এইচইআরসি২ জিনকে দায়ী করা যায়। আর ওসিএ২ সাধারণত চোখের নীল এবং সবুজ রং সৃষ্টিতে কাজ করে।
তবে বিশ্বজুড়ে বাদামি চোখের আনাগোনা সবচেয়ে বেশি। মানুব সভ্যতার প্রথম থেকেই এই রং দাপটের সঙ্গে টিকে আছে। অন্যদিকে, নীল চোখ মূলত বংশানুক্রমিকভাবে টিকে রয়েছে এবং দিন দিন বিরল হয়ে পড়ছে।
বিশেষজ্ঞরা ধারণা করেন, নীল চোখের সৃষ্টিতে জিনগত মিউটেশন ঘটেছিল ৬ হাজার থেকে ১০ হাজার বছর আগে। নীল চোখের চেয়ে আরো বেশি গাঢ় দেখায় ধূসর চোখ। কারণ এ রংয়ের চোখে মেলানিন পিগমেন্ট অনেক বেশি থাকে। আইরিশে মেলানিন এবং প্রোটিনের পরিমাণের ওপর ভিত্তি করে চোখের ধূসর রংয়ের সৃষ্টি হয়। পৃথিবীর মাত্র ২ শতাংশ মানুষের সবুজ চোখ রয়েছে। এ চোখে মেলানিন খুব কম থাকে। হালকা বাদামি রং তৈরি হয় আসলে সবচেয়ে হালকা নীল এবং গাঢ় বাদামির মিশেলে। হালকা বাদামি রংয়ের চোখে আইরিশের অভ্যন্তরীণ সীমান্ত বরাবর প্রচুর পরিমাণে মেলানিন জমা থাকে।
