অণুবীক্ষণ যন্ত্র প্রথম আবিষ্কার করেন নেদারল্যান্ডের বিজ্ঞানী করনেলস ড্রাব্বল (Cornelis Drebbel), ১৬২০ এর দশকে। যে যন্ত্রের সাহায্যে ক্ষুদ্র বস্তুকে অনেক গুণ বড় করে দেখা যায় তাকে অণুবীক্ষণ যন্ত্র বলে। গ্রীক শব্দ Micros-মানে ক্ষুদ্র এবং Skopeen মানে দেখা।
