অ্যামিবিক আমাশয়ের মূল কারণ পরজীবী অ্যামিবা। ব্যাসিলারি আমাশয়ের মূলে রয়েছে বিভিন্ন ব্যাকটেরিয়া সিগেলা, সালমোনেলা, অ্যানথ্রাক্স ইত্যাদি। ব্যাকটেরিয়াজনিত আমাশয়ে মলে মিউকাস অনেক ক্ষেত্রে থাকে না। এ দুধরনের আমাশয় মূলত আমাদের দেহে ঢোকে দূষিত পানি ও খাবারের মাধ্যমে। আক্রান্ত ব্যক্তির মলের সঙ্গে বেরিয়ে আসা জীবাণুর মাধ্যমে দূষিত পানি দিয়ে ধোয়া খাবার, ফল, সালাদ, দূষিত পানি পান আমাশয়ে আক্রান্ত হওয়ার বড় কারণ। আক্রান্ত ব্যক্তি সঠিকভাবে হাত পরিষ্কার না করে থাকলে তার কাছ থেকেও ছড়াতে পারে আমাশয়। মাছির মাধ্যমেও খোলা খাবারে জীবাণু সংক্রমিত হতে পারে। আমাদের দেশে বন্যা, জলোচ্ছ্বাসের পরে আমাশয়ের প্রাদুর্ভাব দেখা যায়।
