১৫০০ খ্রিষ্টপূর্বাব্দ নাগাদ এই শহর পরিত্যক্ত হয়। ১৯২২ সালে ভারতীয় পুরাতাত্ত্বিক সর্বেক্ষণের আধিকারিক রাখালদাস বন্দ্যোপাধ্যায় মহেঞ্জোদারো পুনরাবিষ্কার করেন। ১৯৩০-এর দশকে স্যার জন মার্শাল, কে. এন. দীক্ষিত, আর্নেস্ট ম্যাককি ও অন্যান্যদের অধীনে এখানে ব্যাপক খননকার্য চালানো হয়। ১৯৪৫ সালে আহমদ হাসান দানি ও মর্টিমার হুইলারও এখানে খননকার্য চালান। মহেঞ্জোদাড়োয় শেষ বড়ো খননকার্য চলে ১৯৬৪-৬৫ সালে ড. জি. এফ. ডেলসের অধীনে। এরপর উন্মুক্ত স্থাপনাগুলি আবহাওয়াজনিত ক্ষয়ের কারণে ক্ষতিগ্রস্ত হচ্ছে দেখে এখানে খননকার্য নিষিদ্ধ করে দেওয়া হয়। এরপর থেকে এখানে কেবলমাত্র রক্ষণমূলক খননকার্য, উপরিতল সমীক্ষণ ও রক্ষণাবেক্ষণ প্রকল্পেরই অনুমোদন দেওয়া হত। ১৯৮০-এর দশকে ড. মাইকেল জ্যানসেন ও ড. মরিজিও তোসির নেতৃত্বে একট যৌথ জার্মান-ইতালীয় সমীক্ষা দল আর্কিটেকচারাল ডকুমেন্টেশন, উপরিতল সমীক্ষা, সারফেস স্ক্র্যাপিং ও প্রোবিং-এর উন্নত প্রযুক্তির সাহায্যে প্রাচীন সভ্যতার বেশ কিছু সূত্র আবিষ্কার করেন।
